1. Как раз полезные навыки. Иначе бы Котелок ее прикончил бы. Энола - начинающий детектив, а не опытный, так что допускает ошибки, это логично.
2. Видел мельком в коридоре поезда, затем видел, как спрыгивали. Ему наверняка было интересно, кто это вместе с виконтом. Возможно, справки навел.
3. Между "Директриса заставляет девочек тащить корзину в ее кабинет." и "Заходит в кабинет." есть сцена, в которой директриса говорит виконта: "Чего ты тут стоишь, чаевые хочешь? Пошел отсюда".
Потом она заходит в кабинет, открывает сундук, достает записку и - та-дам- слышит шум машины и подходит к открытому (поднятому наверх) окну.
А как Вы предполагаете еще она сбежала? Пересмотрите еще раз сцену. Там всё понятно даже для младенцев.
5. Ружье там на полу валялось какое-то. То есть бабка взяла его спонтанно.
6. У бабки был мотив - голосование.

Это конец уже викторианской Англии, 90-е годы 19 века. Через пару десятков лет уже и Нэнси Дрю появилась.